«تعیین موقعیت فیلوژنیک» و «کنترل کیفیت توالی دی ان ای» در شناسایی میکروارگانیسم‌ها

به گزارش دریچه خبر ، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران درباره این دو دستاورد جدید اظهار کرد: بنا بر اعلام کمیته بین‌المللی سیستماتیک پروکاریوت‌ها، تعیین موقعیت فیلوژنیک یکی از الزامات شناسایی پلی‌فازیک میکروارگانیسم‌هاست که استفاده از سیستم ARB و پایگاه‌های داده SILVA و LTP به عنوان صحیح‌ترین روش رسم درخت فیلوژنیک از سوی این کمیته و به عنوان دقیق‌ترین روش بین‌المللی استاندارد معرفی شده است. 

وی افزود: این سیستم از ویژگی‌های حفاظت شده توالی و ساختار ژن‌های ریبوزومی برای هم‌راستاسازی توالی‌ها و مشخص کردن موقعیت فیلوژنیک سویه استفاده می‌کند که برای نخستین بار در خاورمیانه، در ایران به کار گرفته می‌شود.

شاهزاده فاضلی با اشاره به این که مجموعه نرم‌افزاری ARB با داشتن ابزارهای مناسب و گروه‌های داده‌یی آن، در دنیا به عنوان روشی استاندارد برای آنالیز داده‌های rRNA در حجم انبوه پذیرفته شده است، توضیح داد: نخستین مقاله این پروژه در سال ۲۰۰۴ توسط Ludwing و همکاران او منتشر شده و تا کنون بیش از ۲۸۰۰ بار در انتشارات معتبر علمی رفرنس داده شده است.

تعیین موقعیت فیلوژنیک» و «کنترل کیفیت توالی دی ان ای» در شناسایی میکروارگانیسم‌ها

رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران درباره دیگر دستاورد محققان این مرکز که «کنترل کیفیت توالی ۱۶S rRNA بر اساس ویژگی‌های ساختار دوم و ساختارهای حفاظت شده» است گفت: شرط اولیه صحیح بودن هر آنالیز، صحت و دقت مناسب داده‌های ورودی آن است. خطاهای ناشی از بدخوانش توالی‌های DNA در بسیاری از موارد باعث برآورد نادرست از ارتباطات فیلوژنیک و حتی سرمایه‌گذاری مالی، علمی و زمانی غیر مفید در شناسایی گونه‌های جدید میکروبی می‌شود.

وی ادامه داد: در این ارتباط از آخرین ویرایش‌های نرم افزار ARB (نوامبر ۲۰۱۱) و پایگاه‌های داده (جولای ۲۰۱۲) مطابق با آخرین استانداردها استفاده می‌شود تا خطاهای خوانشی که بر اساس ساختار دوم و یا ویژگی‌های حفاظت شده ساختاری در محصولات ژن‌های rRNA قابل ردیابی هستند، شناسایی شوند.

شاهزاده فاضلی تصریح کرد: ارائه این دو دستاورد در حوزه شناسایی میکروارگانیسم‌ها، گام دیگری در قطع وابستگی به کشورهای خارجی و کمک به محققان داخلی است و مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران آمادگی کامل دارد تا این دو دستاورد را به جامعه تحقیقاتی و محققان کشور ارائه کند.